Professional Documents
Culture Documents
BIOHEMIJA
ZA STUDENTE
POLJOPRIVREDNOG FAKULTETA
Enzimi.............................................................................................................2
Vitamini i koenzimi.......................................................................................21
Masne kiseline...............................................................................................87
Fosfolipidi.....................................................................................................98
Aminokiseline i peptidi..............................................................................102
Nukleinske kiseline.....................................................................................117
STRUKTURA ENZIMA
Koshlandov model
Odgovor na pitanje, kako se vezuju enzim i supstrat, prvi je pokušao da dâ Emil Fisher
1890. On je postavio model po kome enzim i supstrat pokazuju strogu podudarnost, kao ključ
prema bravi. Ovakav model bilo je moguće primijeniti samo na mali broj enzima, a jedna u
početku samo atraktivna hipoteza, o induktivnoj adaptaciji aktivnog centra, postala je danas
opšte prihvaćena. Na slici je prikazan model Daniela E. Koshlanda, koji je postuliran 1958.
Fleksibilnost enzima je njegova bitna karakteristika i zahvaljujući njoj dolazi do prostornog
prilagođavanja (adaptacije) enzima prema supstratu. Ove promjene indukuje prisustvo
supstrata, koji se vezuje prvo za kontaktne grupe enzima, što vodi ka njegovoj
konformacionoj promjeni, tj. nastanku specifičnog prostornog rasporeda reaktivnih hemijskih
grupa.
SPECIFIČNOST ENZIMA
Svaki enzim katalizuje samo jednu reakciju, ili ograničen broj različitih hemijskih
reakcija. Ovo, svakako, nije slučaj i sa neproteinskim katalizatorima. Stepen specifičnosti se
razlikuje od jednog do drugog enzima. Veliki broj enzima ispoljava apsulutnu specifičnost.
Ovakvi enzimi katalizuju samo jednu reakciju, tj. selektivno djeluju na samo jedan određeni
supstrat. Tako, arginaza katalizuje samo razlaganje arginina na ureu i ornitin, a ne može da
razlaže druge aminokiseline. Piruvat kinaza omogućava prenos fosfatne grupe između
fosfoenolpiruvata i ADP-a i katališe samo ovu reakciju.
Nešto niži stepen supstratne specifičnosti je nađen kod heksokinaze. Ovaj enzim
prenosi fosfatnu grupu sa ATP-a na D-glukozu, ali može da fosforiliše i D-fruktozu, D-
manozu i 2-deoksi-D-glukozu. Fosfataze su primjer enzima sa grupnom specifičnošću. Ovi
enzimi otcjepljuju fosfatne grupe od različitih organskih fosfatnih estara i pri tome imaju
različit stepen specifičnosti. Dakle, grupna specifičnost se ogleda u tome što enzim katalizuje
isti tip hemijskih reakcija u jedinjenjima bliske hemijske strukture.
Karakteristika mnogih enzima je stereoizomerna specifičnost. Enzimi uključeni u
proces glikolize djeluju samo na D-stereoizomere glukoze i njene derivate, ali nikada na L-
oblike. Aminotransferaze prevode ketokiseline samo u L-izomerne aminokiseline. Laktat
dehidrogenaza djeluje samo na L-mliječnu kiselinu.
Prostetična grupa, odnosno koenzim, određuje specifičnost enzima prema tipu
hemijske reakcije, dok je specifičnost prema supstratu uslovljena strukturom proteinske
komponente.
k1 k3
E + S ES E + P.............................................(1)
k2
k1 cE x cS = k2 cES + k3 cES....................................(2)
cE x cS k2 + k3
= = K m........................................(4)
cES k1
V= k cE............................................................(5)
Pri jako velikim koncentracijama supstrata sav enzim se nalazi u kompleksu ES, pa je
ukupna koncentracija enzima cEt jednaka cES, a brzina reakcije je maksimalna (V=Vmax):
V= k cEt..............................................................(6)
V - v V- v .................(8)
cE = =
k k k
(V-v) x cS ............................(9)
Km =
k x cES
(V-v) x cS ...........................(10)
Km=
v
Posljednja jednač ina mož e da se napiše i na slijedeć i nač in:
V x cS
v= ...............................(11)
Km + cS
TEMPERATURA
pH
KONCENTRACIJA ENZIMA
k1 k2
E+S ES E+P
k -1 k -2
k1
E+S E+P
k-2
brzina1 = k1(cE x cS)
brzina2 = k-2(cE x cP)
U stanju ravnoteže:
k1 cE x cP cP
= =
k-2 cE x cS cS
k1 cP
K eq = ; K eq =
k-2 cS
Zapaža se da iako izrazi za brzine reakcija u oba smjera, kao i za cjelokupnu reakciju
sadrže enzim, on izostaje za konstantu ravnoteže ( Keq ) cjelokupne reakcije.
Prema tome, enzim ne utiče na konstantu ravnoteže. Drugačije rečeno, pošto enzimi
utiču na brzine, a ne na konstante brzina, oni ne mogu da utiču na Keq, koja je odnos konstanti
brzina.
Keq neke reakcije je ista, bez obzira da li se ravnoteža postiže sa, ili bez enzimske
katalize. Enzimi ne utiču na početne i završne koncentracije reaktanata i produkata u
ravnoteži–faktore koji određuju Keq i ΔG° (promjenu standardne slobodne energije).
KONCENTRACIJA SUPSTRATA
3
V
2
V a
2
1
Km cS
E+S ES
Tako u dijelovima krive (1 i 2), povećanje, ili smanjenje koncentracije supstrata
dovodi do povećanja, odnosno smanjenja količine enzima vezanog za supstrat u kompleksu
(ES), pa će i v da zavisi od koncentracije supstrata.
U dijelu krive (3) praktično je sav enzim vezan sa supstratom, tako da dalje povećanje
koncentracije supstrata, iako povećava broj sudara između molekula enzima i supstrata, ne
dovodi do povećanja brzine reakcije, pošto nema slobodnog enzima sposobnog da reaguje.
Brzina reakcije u dijelu krive (3) zavisi samo od koncentracije enzima i zato je to reakcija
nultoga reda, sa maksimalnom ili graničnom brzinom (Vmax).
U takvim se okolnostima povećanje brzine reakcije ne može da postigne povećanjem
koncentracije supstrata, ali može dodatkom nove količine enzima.
Slučaj u tački a predstavlja teoretski veoma značajnu situaciju u kojoj je tačno
polovina molekula enzima "zasićena supstratom". Brzina reakcije je tada ravna polovini
maksimalne brzine (Vmax/2).
Koncentracija supstrata pri kojoj brzina dostiže polovinu svoje maksimalne
vrijednosti, kao što smo ranije naglasili, označava se kao Km, ili Michaelis-Menten-ova
konstanta. Ovaj parametar je konstantna vrijednost, za određeni enzim i određeni supstrat.
Kada jedan enzim djeluje na više supstrata, onda ima i više različitih Km vrijednosti.
Km se izražava u mol/L, a kod najvećeg broja enzima vrijednosti Km su od 10-5 do 10-2
mol/L.
Pri fiziološkim uslovima, u ćelijama, koncentracija supstrata je najčešće bliska Km
vrijednosti za određeni enzim, tako da enzim nije zasićen supstratom. Zato je u ovakvim
okolnostima brzina enzimski-katalizovanih reakcija pod uticajem koncentracije supstrata.
V x cS v~ V x cS ~ V
v= ~ ~
K m + cS cS
Iz gore navedenog slijedi, da kada koncentracija supstrata cS daleko premašuje vrijednost K m,
tada je brzina v maksimalna, dostiže Vmax.
V x cS V x cS V
v= v = V x cS = =
K m + cS cS + cS 2cS 2
V x cS inverzija 1 K m + cS
v= =
K m + cS v V x cS
1 Km 1 cS
= x +
v V cS V x cS
1 Km 1 1
= x +
v V cS V
b
V
1
cS
x=- b =- 1
a Km
Enzim obično dobija ime na taj način što se na ime supstrata, koji treba da se
transformiše, doda sufiks –aza: ureaza za enzim koji hidrolizuje ureu, ili fosfataza u slučaju
enzima koji hidrolizuje fosfatne grupe fosforilisanih organskih jedinjenja. Drugi enzimi
dobijaju imena koja se odnose na njihovu aktivnost, kao npr. katalaza enzim koji razgrađuje
peroksid, ili proteaza proteolitički enzim digestivnog trakta (tripsin i pepsin). Da bi se
izbjegla konfuzija stvorena ovakvom aproksimativnom nomenklaturom, 1961. god. je
osnovana Inernacionalna enzimska komisija (International Enzyme Commission; E.C.). Ona
je definisala sistematsku osnovu za nomenklaturu enzima. Iako trivijalna imena mnogih
enzima i dalje ostaju u upotrebi, svi se enzimi sada klasifikuju i dobijaju imena u saglasnosti
sa reakcijom koju katalizuju.
Enzimska komisija je uzela u obzir šest klasa reakcija (Tabela 3). U svakoj klasi
postoje podklase, a svaka od ovih je podijeljena u podpodklase u okviru kojih su nabrojani
pojedinačni enzimi. Klase, podklase, podpodklase i pojedinačni (individualni) brojevi su
označeni ciframa. Na taj način čine seriju od četiri cifre koje označavaju jedan enzim.
Svakom enzimu, takođe, se daje i sistemsko ime, koje opisuje reakciju katalizovanu enzimom.
Kao primjer možemo da uzmemo enzim koji katalizuje slijedeću reakciju:
ATP ADP
D-glukoza D-glukozo-6-fosfat
Uvođenjem novog sistema mjera i jedinica, SI, uvedena je nova jedinica za aktivnost
enzima. Ova se jedinica naziva katal.
Jedan katal (kat) odgovara aktivnosti enzima koja u jednoj sekundi katalizuje
promjenu jednog mola supstrata, pod optimalnim standardnim uslovima.
kat = molΔ[S] / sek = mol · sek-1
1U = 1μmol / min = 1μmol / 60sek = 1/60 μmol / sek = 1 / 60μkat = 16,67 nkat
Aktivnosti enzima izražene u katalima predstavljaju vrlo male brojeve (koji numerički ne
odgovaraju zahtjevima SI), pa ih zato treba izražavati u nanokatalima.
Katalitička koncentracija enzima (koncentracija enzimske aktivnosti) predstavlja
aktivnost enzima u jedinici zapremine seruma, plazme, ili rastvora, a izražava se brojem
internacionalnih jedinica, ili katala na jedan litar.
Katalitička koncentracija enzima može da se izražava i na jedinicu težine tkiva, na
cijeli organ, ukupni azot, ili sadržaj proteina. Ukoliko se aktivnost enzima određuje u
biološkim tkivima najčešće se koristi izražavanje katalitičke koncentracije enzima na proteine
(u tkivima najmanje promjenljive veličine).
VITAMINI I KOENZIMI
VITAMINI I KOENZIMI
Hidrosolubilni
Tiamin (vitamin B1 ) Tiamin pirofosfat
Niacin (nikotinska kiselina) Nikotinamid adenin dinukleotid (NAD+)
Nikotinamid adenin dinukleotid fosfat (NADP +)
Riboflavin (vitamin B2) Flavin adenin dinukleotid (FAD)
Flavin mononukleotid (FMN)
Pantotenska kiselina Koenzim A (Co A)
Piridoksal, piridoksin, piridoksamin (vitamin B 6) Piridoksal fosfat
Kobalamini (vitamin B12) 5'-deoksiadenozil-kobalamin
Metilkobalamin
Biotin Kompleks biotin-lizin (biocitin)
Liponska kiselina Kompleks lipoil-lizin (lipoamid)
Folna kiselina Tetrahidrofolat
Askorbinska kiselina ( vitamin C)
Liposolubilni
Retinol (vitamin A)
Ergokalciferol (vitamin D2)
Holekalciferol (vitamin D3)
α-tokoferol (vitamin E)
Vitamin K
Vitamin F
VITAMIN B1 (TIAMIN, ANEURIN)
ATP ADP
+ +
N N N
N
NH N NH S
N S OH 2 OP
2
Tiaminmonofosfat (TMP)
Tiamin
ATP
ADP
+ ADP ATP +
N N N N
N NH S NH
2 OPOPOP N 2 S OPOP
CH3 H O
O
HOCH C C C
2 NH CH CH C
CH OH 2 2 OH
3
SASTOJAK JE CoA
UĈESTVUJE U SINTEZI LIMUNSKE KISELINE, MASNIH KISELINA,
STEROLA
ŢIVOTINJE GA UNOSE HRANOM, A MIKROFLORA PREŢIVARA SINTETIŠE
U PROBAVNOM TRAKTU
NEDOSTATAK IZAZIVA PELAGRU PILIĆA I DRUGIH DOMAĆIH ŢIVOTINJA
VITAMIN PP (NIACIN)
O O
C OH C NH
2
N N
CH2OH C CH NH
H 2 2
HOH2C HOH C HOH C
OH 2 OH 2 OH
O
CH2NH2
C H
P -OH2C
P -OH2C OH
OH
N CH
N CH3 3
, ,
Piridoksal -5-fosfat Piridoksamin-5 -fosfat
OH O
OH O
-2H
O O
+2H O
O
HO-C-H HO-C-H
CH OH CH OH
2 2
VITAMIN A
, , , ,
7 9 11 15 14 12 10 8
13
, , , , ,
8 10 12 14 15 13 11 9 7
-karotin
-karotin O2
dioksigenaza
o
C
H
2
Retinal
NADPH + H+
Retinal
reduktaza
NADP+
CH OH
2
2
Retinol-vitamin A 1
VITAMIN D (Kalciferol)
CH
2
h
kod biljaka
HO HO
Ergosterol Vitamin D2
CH 2
h
kod animalaca
HO HO
7-dehidroholesterol Vitamin D3
HO O
-tokoferol
+H O -H O
2 2
HO
OH OH
tokoferol-hidrohinon
VITAMIN K
O n
VITAMIN F
13 12 10 9 1
COOH
18
Linolna kiselina
16 15 13 12 10 9 1
18 COOH
Linolenska kiselina
15 14 12 11 9 8 6 5 1
COOH
20
Arahidonska kiselina
Ovaj kompleks, kao što samo ime kaže, transportuje jedan elektronski par sa NADH na
CoQ. Drugo ime za ovaj kompleks je NADH dehidrogenaza. Kompleks ukljuĉuje više od 30
polipeptidnih lanaca, jedan molekul FMN i više molekula Fe-S. Na osnovu ove zavisnosti od FMN,
NADH-CoQ reduktaza je flavoprotein. Iako precizni mehanizam djelovanja kompleksa I nije
poznat, ipak je sigurno da je prvi korak vezivanje NADH za enzim sa unutrašnje strane unutrašnje
mitohondrijalne membrane, pri ĉemu redukuje FMN, koji ĉini dio samog enzima, dajući FMNH2.
Slijedeći korak je transfer elektrona sa FMNH2 na niz Fe-S proteina, a zatim u krajnjoj fazi
elektroni bivaju upućeni ka CoQ, koji je mobilni transporter elektrona.
Struktura kompleksa I
Kompleks II je bolje poznat pod imenom kompleks sukcinat dehidrogenaze, koji je jedini
enzim ciklusa limunske kiseline povezan sa unutrašnjom mitohondrijalnom membranom. Pri
transformaciji sukcinata u fumarat dešava se i redukcija FAD-a, koji ĉini sastavni dio kompleksa II,
u FADH2. Odmah nakon ove redukcije, FADH2 prebacuje elektrone na CoQ, a uvijek preko Fe-S
proteina. Mala varijacija slobodne energije reakcija, pri ovom kompleksu, nije dovoljna za transport
protona preko membrane. Ovo je fundamentalna taĉka, budući da je transport protona blisko
povezan sa sistemom ATP-a. Oksidacija FADH2 u nizu transporta elektrona prevodi se zato u
sintezu manjeg broja ATP-a, u odnosu na broj ATP molekula koje potiĉu iz oksidacije NADH.
Struktura kompleksa II
U kompleksu III lanca transporta elektrona CoQH2 predaje elektrone citohromu-c putem
posebnog sistema, koji se zove ciklus Q. Ciklus poĉinje kada jedna molekula CoQH2 preĊe na
mjesto kompleksa III, koje se zove Qp, a nalazi se u dijelu kompleksa III okrenutom ka
intramembranskom prostoru.
Oksidacija CoQH2 dešava se u dvije faze. Prvo se jedan elektron sa CoQH2 prebacuje na
jedan Fe-S protein, a zatim na citohrom-c1. Ovaj proces oslobaĊa dva H+ jona u intermembranski
prostor i proizvodi CoQ, anjonski oblik semihinona CoQ. Drugi elektron se prebacuje na hem grupu
citohroma-bL, koji se inaĉe nalazi u citosolnoj strani membrane, a zatim odlazi na hem grupu
citohroma-bH, koji se nalazi unutar kompleksa bliže matriksu. Elektron zatim prelazi na CoQ
lokalizovan u drugoj poziciji, koja se zove Qn, prevodeći tako CoQ u CoQ-. Ova posljednja
hemijska struktura ostaje ĉvrsto vezana za poziciju Qn, ĉime se završava prva polovina cilkusa Q.
Druga polovina ciklusa Q je sliĉna prvoj, sa jednom drugom molekulom CoQH2, koja se
oksidiše na mjestu Qp, a ĉiji se elektroni transportuju na slijedeći naĉin: jedan na citohrom-c1, a
drugi prvo na citohrom-bL, a zatim na citohrom-bH. Ipak, u ovom posljednjem dijelu ciklusa Q,
elektron sa citohroma-bH prelazi na semihinonski anjon CoQ-, koji potiĉe iz prvog dijela ciklusa.
Preuzimajući dva H+ iz mitohondrijalnog matriksa, formira se molekula CoQH2, koja zatim može
da se vrati u pul CoQ, a na taj naĉin se završava ciklus Q.
Na slici može da uoĉi se da za svaka dva elektrona, transportovana na citohrom-c, iz matriksa se
uzimaju dva H+, a u intermembranski prostor se izbace ĉetiri H+. Ono što povezuje kompleks III i
slijedeći, kompleks IV, je citohrom-c, jedini hidrosolubilni citohrom. On prenosi elektrone
"klizajući se" preko membrane do kompleksa IV.
Q ciklus
Kompleks IV: citohrom-c-oksidaza
Kompleks IV je tako nazvan zato što prima elektrone od citohroma-c i predaje ih kiseoniku,
sintetišući vodu. Ovaj kompleks takoĊe vrši i transport protona preko unutrašnje mitohondrijalne
membrane. Citohrom-c se oksidiše na citosolnoj strani membrane, a zatim elektroni, jednim
složenim sistemom od deset podjedinica, redukuju kiseonik, koji se nalazi sa druge strane
membrane.
Protonski gradijent, stvoren pri transportu elektrona, predstavlja veliki izvor potencijalne
energije. 1961. godine Peter Mitchell, engleski biohemiĉar, dao je ideju da je upravo ovaj gradijent
izvor energije za sintezu ATP-a. Ovaj prijedlog je poznat kao hemiosmotska hipoteza.
Odnos broja H+ jona, transportovanih uz svaki elektronski par, poznat je pod imenom odnos
H+/2e-. Kroz dugi niz godina ovaj odnos je bio predmet velikog interesovanja, ali ipak ga je veoma
teško odrediti. Danas, veliki broj nauĉnika prihvata hipotezu da je ovaj odnos pri transportu
elektrona sa sukcinata na O2 6 H+ / 2e-. Odnos koji se odnosi na kompleks I ostaje i dalje
nepoznanica, iako se misli da bi on trebao da bude 6 H+ / 2e-. Na osnovu ovih vrijednosti,
stehiometrija transporta sa NADH na O2 je 10 H+/ 2e. Iako su ovi podaci predstavljeni i na slici
treba ih ipak uzeti sa zadrškom, jer bi stvarne vrijednosti mogli da budu i brojevi koji nisu cijeli.
ATP-SINTETAZA
ATP se veže na strani matriksa, a zatim se mjesto vezanja pomjera prema citozolnoj strani
membrane, gdje otpušta ATP, veže ADP i zatim ga transportuje u matriks. Naelektrisanje, prisutno
na molekuli ATP-a, pri pH = 7,2 je oko –4, dok je naelektrisanje ADP-a, pri istoj vrijednosti pH,
oko –3. Na taj naĉin, razmjena jedne molekule ATP-a (koja izlazi) i jedne molekule ADP-a (koja
ulazi) izaziva transfer jednog negativnog naelektrisanja iz matriksa prema citozolu. Proces je
ekvivalentan prelasku jednog protona iz citozola u matriks.
Unutrašnja mitohondrijalna membrana je pozitivno naelektrisana sa spoljne strane. Zato je
evidentno, da je izlazak ATP-a favorizovan u odnosu na transport ADP-a u istom smjeru. Iz istog
razloga ulazak ADP-a je lakši u odnosu na ulazak ATP-a. Dakle, specifiĉnost ADP-ATP
translokaze je kontrolisana elektrohemijskim potencijalom, koji je ipak smanjen djelovanjem ove
pumpe, pa iz tog razloga mora da se troši i metaboliĉka energija. Ćelija mora da odgovori na ovaj
energetski izdatak povećanjem protoka elektrona preko lanca za transport elektrona.
Koliki je energetski izdatak razmjene ATP-ADP, u odnosu na ukupnu energiju potrebnu za
sintezu ATP-a? Već smo vidjeli da izbacivanje jednog molekula ATP-a, u odnosu na ulazak jednog
molekula ATP-a, znaĉi prelazak jednog protona iz citozola u matriks. Za sintezu ATP-a je potrebno
utrošiti tri protona, koji preko Fo jedinice prelaze iz citozola u matriks. To znaĉi da za svaki molekul
ATP-a, koji se sintetiše, moraju da preĊu ukupno ĉetiri protona iz citozola u matriks. Stoga, oko ¼
energije, koju nam daje respiratorni lanac (transprt elektrona i oksidativna fosforilacija) moramo da
upotrijebimo kao elektrohemijsku energiju za transport ATP-ADP.
ATP se veže na strani matriksa, a zatim se mjesto vezanja pomjera prema citozolnoj strani
membrane, gdje otpušta ATP, veže ADP i zatim ga transportuje u matriks. Naelektrisanje, prisutno
na molekuli ATP-a, pri pH = 7,2 je oko –4, dok je naelektrisanje ADP-a, pri istoj vrijednosti pH,
oko –3. Na taj naĉin, razmjena jedne molekule ATP-a (koja izlazi) i jedne molekule ADP-a (koja
ulazi) izaziva transfer jednog negativnog naelektrisanja iz matriksa prema citozolu. Proces je
ekvivalentan prelasku jednog protona iz citozola u matriks.
Unutrašnja mitohondrijalna membrana je pozitivno naelektrisana sa spoljne strane. Zato je
evidentno, da je izlazak ATP-a favorizovan u odnosu na transport ADP-a u istom smjeru. Iz istog
razloga ulazak ADP-a je lakši u odnosu na ulazak ATP-a. Dakle, specifiĉnost ADP-ATP
translokaze je kontrolisana elektrohemijskim potencijalom, koji je ipak smanjen djelovanjem ove
pumpe, pa iz tog razloga mora da se troši i metaboliĉka energija. Ćelija mora da odgovori na ovaj
energetski izdatak povećanjem protoka elektrona preko lanca za transport elektrona.
Koliki je energetski izdatak razmjene ATP-ADP, u odnosu na ukupnu energiju potrebnu za
sintezu ATP-a? Već smo vidjeli da izbacivanje jednog molekula ATP-a, u odnosu na ulazak jednog
molekula ATP-a, znaĉi prelazak jednog protona iz citozola u matriks. Za sintezu ATP-a je potrebno
utrošiti tri protona, koji preko Fo jedinice prelaze iz citozola u matriks. To znaĉi da za svaki molekul
ATP-a, koji se sintetiše, moraju da preĊu ukupno ĉetiri protona iz citozola u matriks. Stoga, oko ¼
energije, koju nam daje respiratorni lanac (transprt elektrona i oksidativna fosforilacija) moramo da
upotrijebimo kao elektrohemijsku energiju za transport ATP-ADP.
Odnos P/O je broj mola ATP-a pri oksidativnoj fosforilaciji po svakom elektro-nskom paru
koji proĊe kroz transportni lanac elektrona. Iako su brojni nauĉnici proveli intenzivna istraživanja,
njegova vrijednost se i dalje razmatra. Ako se prihvati vrijednost od 10 H+, koji izaĊu iz matriksa,
za svaka dva elektrona koja preĊu put lanca za transport elektrona sa NADH na O2 i da je za sintezu
jednog molekula ATP-a neophodno da iz citozola u matriks preĊu 4 protona, onda je odnos P/O u
mitohondrijama 10/4 = 2,5 (radi se o sluĉaju kada elektroni ulaze u lanac transporta u obliku
NADH). Ova vrijednost je nešto niža u odnosu na ranije pretpostavke, koje su ovom odnosu
pripisivale vrijednost 3.
Što se tiĉe dijela lanca koji polazi od sukcinata, vrijednost H+/ 2e- je 6, te je zato odnos 6/4 =
1,5 , dok je po ranijim pretpostavkama bio 2.
Iako i eksperimentalni podaci potvrĊuju ovakve vrijednosti, mnogi biohemiĉari, koji su
naviknuti na cijele brojeve vrijednosti P/O, pokazuju veliki skepticizam i negodovanje u odnosu na
gore navedene decimalne vrijednosti.
UGLJENI HIDRATI
Ugljeni hidrati, ili saharidi (grčki: sacharon, šećer) su heterogena grupa organskih
jedinjenja. Veoma su rasprostranjeni u prirodi, tako da čine najveći dio organske materije na
Zemlji. Za organizme su od višestrukog značaja, prvenstveno se koriste u energetske svrhe,
ali imaju i značajne specifične funkcije ( strukturna uloga celuloze kod biljaka, mukoproteini,
kojih ima u kostima životinja, ulaze u sastav nukleinskih kiselina, glikolipida, krvnih grupa i
dr. ). Ugljeni hidrati su najvećim dijelom biljnog porijekla, ali su glavni sastojci ishrane
animalnih organizama. Ime ugljenih hidrata u potpunosti ne odgovara, ali se kao takvo
odomaćilo, te je i dalje u uptrebi. Naziv potiče otuda što je odnos ugljenika i vode u nekim
ugljenim hidratima 1:1; tako, kada posmatramo glukozu čija je formula:
h
nCO2+ nH2O CnH2nOn
hlorofil
Svi ugljeni hidrati koji se nalaze u živim sistemima pripadaju D-seriji. Naknadno je
razvijen jedinstven sistem nomenklature ugljenih hidrata, jer IUPAC-ov sistem, kao veoma
nepodesan, dovodi do dugih i nezgrapnih naziva.
1. Monosaharide
2. Oligosaharide i
3. Polisaharide
aldotrioze ketotrioze
aldotetroze ketotetroze
aldopentoze ketopentoze
aldoheksoze ketoheksoze
O
C H CH2 OH
H C OH C O
CH OH CH2 OH
2
Glicerinaldehid Dioksiaceton
O O
C H C H CH2 OH
HO C H H C OH C O
H C OH H C OH H C OH
CH 2 OH CH 2 OH CH OH
2
Pentoze su od posebnog značaja za žive organizme jer neke od njih ulaze u sastav nukleinskih
kiselina. Najvažniji predstavnici aldopentoza su:
O O O
C H C H C H
H C OH HO C H H C OH
HO C H H C OH H C OH
H C OH H C OH H C OH
CH2 OH CH2 OH CH2 OH
CH OH CH OH
2 2
D-Ksiluloza D-Ribuloza
CH2 OH
C O
HO C H
H C OH
H C OH
CH OH
2
D-Fruktoza
CH2OH
O O
CH2OH
SKROB
AMILOZA
AMILOPEKTIN
CELULOZA
Glikoliza je osnovni katabolički put svih monosaharida. Pored glukoze, ovim putem se
razlažu i fruktoza, galaktoza i manoza, kao i pentoze, tetroze i trioze. Većina detalja
glikolitičkog puta bila je razjašnjena u prvoj polovini dvadesetog vijeka, radovima njemačkih
biohemičara O. Warburg-a, G. Embden-a i O. Meyerhof-a. Zato se, često, tok reakcija
glikolize označava kao Embden-Meyerhof-ov put.
Glikoliza se odvija u svakoj ćeliji organizma, a energija dobijena ovim procesom
koristi se za sintezu najraznovrsnijih proizvoda, kao i brojne fiziološke potrebe organizma.
Razlaganje glukoze, putem glikolize, nesmetano se odvija u anaerobnim uslovima, tj.
bez prisustva kiseonika. Zahvaljujući tome skeletni, mišići mogu da funkcionišu i u
anoksemičnoj epizodi, tj. u prvoj fazi aktivnosi, kada dopremanje kiseonika nije još prikladno
potrebama.
U anaerobnim uslovima krajnji proizvod razlaganja jedne molekule glukoze su dvije
molekule laktata. Laktat se nakuplja u tkivima, a zatim prenosi u jetru, u kojoj se veći dio
koristi za resintezu glukoze (glikogena) procesom glukoneogeneze.
Glikoliza je i aeroban proces, pri kome iz jedne molekule glukoze nastaju dvije
molekule piruvata, koje se uključuju u Krebsov ciklus trikarbonskih kiselina, tako da se
početna glukoza potpuno razlaže do CO2 i H2O. U prisustvu kiseonika efikasnost glikolize, u
energatskom smislu, značajno raste, što je posebno važno za obezbjeđenje normalne
fiziološke funkcije ćelije.
Svi enzimi neophodni za odvijanje procesa glikolize se nalaze u citosolu, solubilnoj
ekstramitohondrijalnoj frakciji ćelije.
Tok reakcija glikolize može da se podijeli u dvije faze:
1. Prva faza glikolize: fosforilacija glukoze i prevođenje u dvije molekule 3-
fosfoglicerinaldehida (uz utrošak 2 ATP-a);
2. Druga faza glikolize: konverzija 3-fosfoglicerinaldehida u piruvat (uz nastajanje 4 ATP).
Tok reakcija Embden-Meyerhof-ovog puta glikolize pokazan je na Slici 17.
Glikoliza
Regulacija glikolize
Regulacija toka reakcija glikolize počinje već u prvoj reakciji, koju katalizuju
heksokinaza ili glukokinaza. Glukozo-6-fostat u povišenoj koncentraciji inhibiše heksokinazu,
što prekida fosforilaciju novih molekula glukoze. Navedeno se dešava u ekstrahepatičnim
tkivima.
U jetri ne postoji heksokinaza, već isključivo glukokinaza, koja nije osjetljiva na
nakupljanje produkta svoje katalize, tako da izostaje prva regulatorna tačka, navedena za
ekstrahepatična tkiva.
Druga regulatorna tačka u ekstrahepatičnim tkivima, a prva u jetri je aktivnost enzima
fosfofruktokinaze, ključnog enzima glikolize. Od aktivnosti ovog enzima zavisi da li će
glikoliza da se nastavi, ili će da bude prekinuta. Alosterički inhibitori fosfofruktokinaze su
citrati i ATP, a aktivatori su AMP, fruktozo-6-fosfat i fruktozo-2,6-difosfat.
Citrati djeluju indirektno na glikolizu. Njihovo nakupljanje omogućava brzu i efikasnu
sintezu ATP-a, kroz ciklus trikarbonskih kiselina, dok je glikoliza manje efikasan metabolički
put. Tako da citrati "štede" glukozu.
Što se tiče dejstva ATP-a, logično je da kada su rezerve ATP-a popunjene nema
potrebe za razlaganjem glukoze glikolizom. Nasuprot tome, svako smanjenje broja molekula
ATP-a predstavlja alarm koji pokreće glikolizu u cjelini.
Porast lokalnog nivoa fruktozo-6-fosfata djeluje kao moćan alosterijski aktivator
fosfofruktokinaze. Pokretanjem ovog enzima nastaju nove molekule fruktozo-1,6-difosfata i
uspostavlja se ekvimolaran odnos sa fruktozo-6-fosfatom.
Porast ćelijskog nivoa fosfoenolpiruvata takođe djeluje regulatorno na glikolizu.
Hormoni su značajno uključeni u proces regulacije glikolize. Glukagon i adrenalin inhibišu
glikolizu, kako bi što više molekula glukoze bilo iskorišteno za održavanje glikemije. Insulin
povećava efikasnost enzima glukokinaze, a sa njom i efikasnost glikolize u cjelini.
CIKLUS TRIKARBONSKIH KISELINA
Ciklus limunske kiseline, ili ciklus trikarbonskih kiselina, predstavlja put razlaganja
acetilnih ostataka do krajnjeg kataboličkog proizvoda CO2. Odvija se u ćelijama svih aerobnih
organizama. U razjašnjenju reakcija ovog metaboličkog puta veliki doprinos je, svojim
radovima u periodu od 1932. do 1937. godine, dao Hans Krebs, u čiju čast se ciklus limunske
kiseline označava i kao Krebsov ciklus trikarbonskih kiselina.
Ciklus trikarbonskih kiselina predstavlja univrzalni put metabolisanja zajedničkog
međuproizvoda razlaganja (acetilnih ostataka) ugljenih hidrata, proteina i masti. Pored toga,
Krebsov ciklus je izvor brojnih molekula neophodnih za anaboličke procese, kojima nastaju
masne kiseline, ugljeni hidrati i aminokiseline. Energetski učinak ovog ciklusa je veoma
značajan, pošto se odvija u aerobnim uslovima i tako priključuje na respiratorni lanac.
Svi enzimi ciklusa limunske kiseline se nalaze u mitohondrijalnoj frakciji ćelije,
prvenstveno u matriksu. Ovakva lokalizacija ciklusa je veoma značajna, jer je u susjedstvu
respiratornog lanca, što omogućuje lako uključivanje brojnih molekula redukovanih
koenzima, koji nastaju u ciklusu limunske kiseline, u respiratorni lanac.
Da bi se krajnji proizvod glikolize, piruvat, uključio u Krebsov ciklus potrebno je da
se prevede u acetil-CoA, što se odvija nakon prelaska piruvata u matriks mitohondrija.
Sinteza oksalacetata
Za reakciju sinteze uz jedan molekul ATP potreban je katjon Mg2+. Enzim piruvat
karboksilaza na svaku od svoje četiri podjedinice kovalentno vezuje po jednu molekulu
biotina, kao i jedan Mg2+. Biotin ima ulogu aktivnog mjesta enzima piruvat karboksilaze, jer
služi za aktivaciju CO2 i prenos karboksilne grupe na piruvat.
Iako je po karakteru navedena reakcija izrazito reverzibilna, pravac reakcije je
pomjeren ka sintezi oksalacetata. To objašnjava činjenica da je rastući broj molekula piruvata,
koje nastaju u procesu glikolize u citosolu, veliki.
Acetil-CoA, kao univerzalni međuproizvod katabolizma masti, ugljenih hidrata i
proteina, snažan je alosterijski regulator piruvat karboksilaze, djelujući na proteinski nosač
tog enzima. Kao alosterijski aktivator piruvat karboksilaze, acetil-CoA utiče na prevođenje
piruvata u oksalacetat, što obezbjeđuje ravnomjerno katabolisanje acetil ostataka. U
protivnom, došlo bi do narušavanja acidobazne ravnoteže.
Interesantno je da je acetil-CoA istovremeno i alosterijski inhibitor kompleksa piruvat
dehidrogenaze, tj. usporava dobijanje novih molekula acetil-CoA. Navedeni alosterijski efekti
su uravnoteženi.
Kompletna razgradnja molekule glukoze do CO2 i H2O praćenjena je kroz tok reakcija
glikolize i ciklusa limunske kiseline. Pretpostavljajući aproksimativni P/O odnos, broj ATP
molekula proizvedenih potpunom oksidacijom molekule glukoze moguće je izračunati. Kao
što je objašnjeno u okviru respiratornog lanca i oksidativne fosforilacije, smatramo da su
vrijednosti za P/O 2,5 za oksidaciju NADH preko malat-aspartatnog Shuttle-a, odnosno 1,5 za
oksidaciju preko glicerol- fosfatnog Shuttle-a.
Tako ukupno dobijamo po molekuli glukoze 30, ili 32 ATP-a, a većina ATP-a, 26 od
30 i 28 od 32 je proizvedena oksidativnom fosforilacijom, a samo su 4 ATP-a rezultat
direktne sinteze tokom glikolize i ciklusa limunske kiseline (obično se za ovakve ATP kaže
da su proizvedeni na nivou supstrata).
Uzimajući u obzir da oksidacija glukoze u ćeliji ima ΔG= -2937 kJ/mol, možemo da
izračunamo da efikasnost svih procesa (glikoliza, ciklus limunske kiseline, transport elektrona
i oksidativna fosforilacija) iznosi 54%, što je ranije i pokazano
GLIKOGENOLIZA
Skraćenje lanca makromolekule glikogena teče sve do onog trenutka dok se ne približi
mjestu grananja glavnog lanca α-1,6-glikozidnim vezama, na rastojanje od četiri glikozil
ostatka. Tada djeluje enzim trisaharid transferaza, koja trisaharidni segment prenosi na glavni
lanac, koji se tako produžava. Poslije premještanja tri glukozil ostatka mjesto grananja je
dostupno dejstvu enzima degrananja (amilo-1,6-glukozidaza), koji raskida α-1,6-glikozidnu
vezu. To se odvija hidrolitičkim putem, pa se logično dobija molekula D-glukoze, a ne
glukozo-1-fosfat.
Molekul glukozo-1-fosfata niti može da napusti ćelijsku sredinu i pređe u krv, niti
direktno može da se koristi kao energetski materijal, jer se ne razlaže glikolizom. Zato je
neophodno, da se dejstvom fosfoglukomutaze, prevede u glukozo-6-fosfat, koji može da se
uključi u glikolizu.
U jetri, i u manjoj mjeri u bubrezima, nalazi se specifičan enzim glukozo-6-fosfataza,
koja razlaže glukozo–6-fosfat, dajući slobodnu glukozu, koja odlazi u cirkulaciju.
PENTOZOFOSFATNI PUT
HC OH
2- 2-
CH OPO3 + + CH OPO3
2 HO CH
O NADP NADPH + H 2 H2O
H OH 2+ O 2+
Mg H HC OH
H 1 H Mg 2
OH H O
OH H laktonaza HC OH
HO H glukozo-6-fosfat
dehidrogenaza
HO 2-
CH OPO
H OH H OH 2 3
Glukozo-6-fosfat 6-fosfoglukonolakton
6-fosfoglukono- 6-fosfoglukonat dehidrogenaza
-lakton sinteza nukleinskih
kiselina + Mg2+ CO
NADP 2
HC OH
2 3
C O
O NADPH + H+ CH OH
HO CH 2
C H
C O
O HC OH HC OH fosfopentozo
C H izomeraza HC OH
HC OH HC OH 4
HC OH HC OH
HC OH HC OH
HC OH 2-
2- 2- CH OPO
2- CH OPO CH OPO 2 3
CH OPO 2 3 2 3 ribulozo-5-fosfat
2 3 sedoheptulozo-7-fosfat 5
eritrozo-4-fosfat ribozo-5-fosfat
6
7 ribulozo-5-fosfat
O epimeraza
transketolaza CH OH
CH OH C H
2 transaldolaza 2
C O HC OH C O
-
HO CH CH OPO2 HO CH
2 3
HC OH HC OH
gliceraldehid-3-fosfat 2-
HC OH CH OPO
2 3
2-
CH OPO 3
2
fruktozo-6-fosfat ksilulozo-5-fosfat
Pentozofosfatni put
GLIKOGENEZA
2-
CH2OH CH2OPO3 CH OH
2
O H ATP ADP oH
H 2+ H O H H
2+
H Mg H Mg H
OH H OH H fosfoglukomutaza OH H
heksokinaza 2-
HO OH HO OH HO OPO3
H OH H OH H OH
-D-glukoza -D-glukozo-6-fosfat
-D-glukozo-1-fosfat
UTP
2
UDP-glukozo Mg + PPi
pirofosforilaza
CH OH NH
2
O
H H
H H O- O- N O
OH
I I
HO O-P-O-P - O - CH
I- I - 2O
H OH O O
H H
H H
OH OH
uridindifosfat-glukoza
Sinteza UDP-glukoze
U mišićima postoje dva oblika glikogen sintaze: fosforilisani, ili neaktivni b oblik i
defosforilisani, tj. aktivni oblik a. Ova dva oblika mogu da prelaze jedan u drugi. U
fiziološkim uslovima sinteza glikogena zavisi od glikogen sintaze a, koja nastaje iz glikogen
sintaze b djelovanjem dva enzima: protein fosfataze i protein fosfataze-1. Obrnutu reakciju
katalizuje drugi enzim, a to je jedan od niza kinaznog dejstva.
Protein fosfataza je pod direktnim dejstvom insulina, dok protein fosfataza-1 zavisi od
lokalnog nivoa cAMP, a ne zavisi od insulina. Adrenalin pojačava aktivnost enzima adenil
ciklaze i time povećava nivo cAMP, što u kaskadi reakcija inhibiše aktivnu protein
fosforilazu-1.
Regulacija glikogeneze u jetri je složenija. I u jetri postoji aktivna (a) i neaktivna (b)
glikogen sintaza. Glikogen sintaza a fosforilisanjem postaje, dejstvom cAMP zavisne protein
kinaze, neaktivni enzim (b). Inaktivacija glikogen sintaze jetre odvija se i dejstvom
kalmodulin zavisne protein kinaze.
Najmoćniji i najvažniji aktivator glikogeneze u jetri je insulin, koji pokreće aktivnost
regulatornih enzima, tipa protein fosfataza i fosfodiesteraza. Protein fosfataza defosforiliše i
time aktiviše glikogen sintazu, a sa njom počinje glikogeneza. Insulin, aktivacijom
fosfodiesteraze, razlaže cAMP u AMP i time onemogućava pokretanje glikogenolize.
Suprotno dejstvo insulinu imaju: kateholamini, vazopresin, oksitocin, angiotenzin II,
glukagon i tiroksin.
FOTOSINTEZA
tilakoidi Ddoslojna
membrana
stroma
hloroplast
Tamni dio fotosinteze, tj. redukcija ugljendioksida odvija se u stroma lamelama.
Većina tilakoida su vrlo blisko povezani, tako da ostavljaju utisak nagomilanih spiralnih
membrana, koje se nazivaju grane lamele. Membrane koje su slobodne u prostoru i nisu
blisko povezane nazivaju se stroma lamele.
Reakcije fotosinteze u tami obuhvataju reakcije u kojima se uz upotrebu proizvoda
primarnih (svjetlosnih) reakcija fotosinteze ATP-a i NADPH redukuje CO2 i stvaraju ugljeni
hidrati.
Calvin je 1961. godine za predloženi redoslijed reakcija u tamnoj fazi fotosinteze
dobio Nobelovu nagradu. Calvinov ciklus može da se podijeli u tri faze:
1. karboksilacija akceptora CO2, ribuloza-1,5-difosfata i stvaranje dvije molekule
3-fosfoglicerata, prvog stabilnog međuproizvoda
2. redukcija tokom koje nastaje gliceraldehid-3-fosfat
3. regeneracija akceptora CO2, ribuloza-1,5-difosfata.
Zbirna jednačina sekundarnih reakcija fotosinteze:
H2C OPO32-
O C
-O O
H C OH
C
H C OH H C OH
Ribuloza-1,5-difosfat 3-fosfoglicerat
Zatim slijedi transformacija 3-fosfoglicerata:
Fosfoglicerat gliceraldehid-3-fosfat
kinaza dehidrogenaza
O
2
O O OPO3
C ATP ADP C NADPH NADP+ CHO
H C OH H C OH H C OH
H2C OPO3
2
H2C OPO3
2 Pi H2C OPO3
2
3- 1,3-difosfoglicerat gliceraldehid-
fosfoglicerat 3-fosfat
18
COOH
1
oktadekanska kiselina (stearinska kiselina)
Formule masnih kiselina su napisane tako, da krajnja CH3 grupa nije naznačena, da
nisu napisane metilenske grupe (CH2), a iste se nalaze na svim prevojnim tačkama.
Obilježavanje ugljenikovih atoma, arapskim brojevima, vrši se od ugljenikovog atoma
karboksilne grupe. Ako se ugljenikovi atomi obilježavaju grčkim slovima ugljenikov atom
karboksilne grupe se ne obilježava, već obilježavanje počinje od susjednog ugljenikovog
atoma, u odnosu na ugljenikov atom karboksilne grupe. Sasvim desno data su trivijalna imena
sa brojevima, gdje prvi broj označava broj ugljenikovih atoma, dok drugi broj označava broj
dvostrukih veza. Za organizam čovjeka od velike su važnosti masne kiseline sa više
dvostrukih veza, kao i masne kiseline račvastog niza, jer ne može da ih sintetiše, pa moraju da
se unose hranom. Neunošenje linolenske i arahidonske kiseline (esencijalnih masnih kiselina)
uzrokuje zastoj u rastu, promjene na koži, a u krajnjem slučaju i smrt.
Osnovni put za metabolizam masnih kiselina, koje nastaju kao proizvod varenja
masti, je β-oksidacija, koja se odvija u mitohondrijama. Krajnji proizvod katabolizma masnih
kiselina sa parnim brojem C atoma je odgovarajući broj acetil-CoA, koji se dalje razgrađuju u
ciklusu limunske kiseline. Dugolančane masne kiseline se oksidišu do ugljendioksida i vode
skoro u svim tkivima kičmenjaka, osim u mozgu.
O
+
C ~ O-CH-CH2 - N (CH3 )3 + H SCoA
H C-COO -
2
Palmitoilkarnitin
Aktivacija palmitinske kiseline
Kao što se iz formule vidi, karnitin je β-hidroksi-γ-trimetilamonijum butirat, sa
osobinama bipolarnog jona. Takve hemijske karakteristike omogućavaju karnitinu da lagano
klizi između lipidnih struktura membrane, omogućavajući transport acil ostataka.
U navedenom transportnom sistemu učestvuju dva enzima: karnitin-aciltransferaza I
(CAT I), enzim spoljašnje površine unutrašnje membrane mitohondrija i karnitin-
aciltransferaza II (CAT II), koja acetilni ostatak prenosi na matriksni CoA.
Kratkolančane masne kiseline direktno prolaze kroz unutrašnju membranu mitohondrija, tj. ne
zavise od karnitina.
R=H(CH2 -CH2 )n FAD FADH2
O H O
H 3 H 3
C ~ CoA
R C ~ CoA R C 1
C 1 1 C
C 2
H 2 H H
H2O
2
O
R C ~ SCoA
6
O
7 HO 3 H
R C C ~ CoA
1
5 C
8 H 2
H
9
+
O NAD
3
R C ~ SCoA O
3 O
4 R 3
C C ~ CoA
1
C +
NADH+H
O H 2 H
CH -C ~SCoA HSCoA
2 3 1
* Oksidativna fosforilacija u mitohondrijama daje 1,5 ATP po oksidisanom FADH2 i 2,5 ATP po
oksidisanom NADH+H+ .
# Direktno iz GTP-a na nivou supstrata.
Sinteza masnih kiselina odvija se u jetri, masnom tkivu, mliječnoj žlijezdi za vrijeme
laktacije, ali i u plućima, bubrezima i mozgu. Svi potrebni enzimi za sintezu masnih kiselina,
iz prekursora acetil-CoA do molekula palmitinske kiseline, nalaze se u citosolu ćelije.
Ukoliko postoji potreba za biosintezom masnih kiselina sa većim brojem C atoma od 16, onda
se produžavanje (elongacija) masnih kiselina odvija u mikrozomima i mitohondrijama.
Kada su energetske potrebe ćelije male, oksidacija acetil-CoA i oksidativna fosforilacija
su minimalne, pa se mitohondrijalni acetil-CoA deponuje u vidu masti.
Prekursor svih C atoma u masnoj kiselini je acetil-CoA. Postoje tri izvora acetil-CoA:
ostatak od 4 C atoma 2a
-ketoacil ~ACP
(aceto-acetil ostatak). O H-S~ACP sintaza
reakciji redukuje u β- H
D-b-hidroksibutirat ~ SACP
hidroksi (3-hidroksi) butiril -hidroksiacil-ACP 5
ostatak, uz učešće β- dehidrataza
HO
2
ketoacil-ACP reduktaze, H O
reakcije 2-6
se ponavljaju
jo{ 6 puta
CH3-(CH2) - C ~ SACP
14
palmitoil ~SACP
H2O
palmitoil-tioesteraza 7
HSACP
CH3-(CH )14 -COO-
2 v
palmitat Sema 17. Biosinteza palmitinske kiseline
U daljem toku sinteze palmitinske kiseline nastali β-hidroksi (3-hidroksi) butiril
ostatak gubi molekul vode pod dejstvom enzima β-hidroksiacil-ACP dehidrataze i nastaje 2,3-
trans-butenoil-ACP (ili α,β-butenoil-ACP ili nezasićeni krotonil ostatak). U daljnjim
ponovljenim ciklusima sinteze nastajaće 2,3 nezasićeni acil ostaci (ili α,β-nezasićeni ostaci).
Dalje se krotonil ostatak redukuje dejstvom enoil-ACP reduktaze (koja kao i
prethodna reduktaza sadrži redukovani NADPH koenzim) u butiril-ACP. Konačno,
nastankom butiril ostatka, prvi krug reakcija sintaznog sistema palmitinske kiseline se
završava dejstvom enzima tioesteraze (deacilaze). Tioesteraza u hidrolitičkoj reakciji raskida
tioestarsku vezu butiril ostatka i –SH grupe panteteina ACP. Oslobođeni butiril ostatak prelazi
na funkcionalno blisku grupu cisteina β-ketoacil sintaze. Nastaje novi tio estar butirila i –SH
grupe cisteina β-ketoacil sintaze, reakciju katalizuje enzim transacilaza, dok susjedna –SH
grupa panteteina ACP ostaje privremeno slobodna. Za istu –SH grupu vezuje se novi malonil,
iz malonil-CoA uz učešće transacilaze. Tako je sinteza palmitinske kiseline ušla u drugi krug.
Reakcije se ponavljaju po tačno opisanom redoslijedu, još ukupno 6 puta, tako da se
bilans sinteze palmitinske kiseline može da predstavi na slijedeći način:
Sistem sintaze palmitinske kiseline nije u mogućnosti da sintetiše masne kiseline veće
dužine od 16 C atoma. Zahvaljujući mehanizmu elongacije omogućava se produženje lanca
do potrebne dužine 22 ili 24 C atoma, pa se dobijaju masne kiseline neophodne za sintezu
lipida nervnog sistema.
Elongacija može da se vrši u endoplazmatskom retikulumu, odnosno mikrozomima i u
mitohondrijama.
Glavni sistem elongacije je mikrozomalni sistem, a koristi se ne samo za elongaciju
palmitil ostataka, već i svih acil ostataka, počev od onih sa 10 C atoma. Mehanizam
elongacije u mikrozomima je sličan mehanizmu sinteze masnih kiselina, pri čemu se kao C 2
jedinica koristi malonil-CoA, a kao davalac redukujućih ekvivalenata NADPH.
Elongacija masnih kiselina u mitohondrijama se razlikuje od one u mikrozomima. Za
elongaciju se koristi acetil-CoA, a kao redukujuće ekvivalente mogu da se koriste NADPH i
NADH. U ovoj vrsi elongacije malonil-CoA nema učešće, a polazni materijal za
mitohondrijski mehanizam elongacije je palmitinska kiselina. Ovaj sistem elongacije
funkcioniše suprotno procesu β-oksidacije, s tom razlikom što je enoil-CoA reduktaza, koja
učestvuje u posljednjoj reakciji elongacije NADPH-zavisni enzim, dok je acil-CoA
dehidrogenaza (prva reakcija β-oksidacije) FAD zavisna dehidrogenaza.
Elongacija masnih kiselina u mitohondrijama se odvija po principu kondenzovanja
palmitil i acetil-CoA, obzirom da je završna reakcija β-oksidacije povratna.
Mitohondrijski sistem elongacije može da se primijeni kako na zasićene, tako i na
nezasićene masne kiseline.
FOSFOLIPIDI
GLICEROFOSFOLIPIDI
Struktura glicerofosfolipida
Fosfatidna kiselina
Biosinteza fosfatidne kiseline moguća je na dva načina. Glicerol-3-fosfat može da
reaguje sa dvije molekule acil-CoA dajući fosfatidnu kiselinu. Međutim, u endoplazmatskom
retikulumu hepatocita i drugih ćelija sinteza fosfatidne kiseline počinje esterifikacijom –
CH2OH grupe dihidroksiacetonfosfata sa zasićenom masnom kiselinom. Zatim se keto grupa
redukuje u sekundarni alkohol, a nastala OH grupa se acilira uz pomoć drugog enzima, koji
kao donatore acilnih grupa prvenstveno uzima nezasićene masne kiseline, prethodno
aktivisane sa CoA. Na taj način nastaju fosfatidne kiseline koje na C1 imaju zasićen, a na C2
nezasićeni ostatak masne kiseline.
Najzastupljeniji glicerofosfatidi su: fosfatidil-holin (lecitin), fosfatidil-
etanolamin (kefalin) i fosfatidil-serin. U lecitinu je azotna baza holin, u kefalinu etanolamin, a
u fosfatidil-serinu aminokiselina serin. Masne kiseline koje se esterifikuju sa glicerolom u
položaju C1 najčešće su palmitinska ili stearinska, a u položaju C2 neka nezasićena kiselina. U
lecitinu najčešće je to oleinska, linolna ili linolenska, dok su u kefalinu prisutne
polinezasićene masne kiseline sa dužim lancima.
Značajan je i fosfatidil-inozitol, kiseli glicerofosfolipid koji u C1 pložaju ima
stearinsku kiselinu, a u C2 arahidonsku masnu kiselinu. Nalazi se u moždanom tkivu, jetri i
mišićima, a značajan je i za regulisanje koncentracije jonizovanog kalcijuma u ćelijama.
Fosfatidil-inozitol je davaoc arahidonske kiseline, prekursora za biosintezu prostaglandina,
tromboksana i leukotrijena.
Najveće količine lecitina se nalaze u membranama mitohondrija, a značajan je i kao
prekursor kardiolipina. Kardiolipin je izgrađen od dva molekula fosfatidne kiseline, vezanih
kovalentno preko molekule glicerola.
Plazmalogeni se razlikuju od ostalih glicerofosfolipida po tome što se umjesto masne
kiseline u položaju C1 nalazi aldehid masne kiseline. Od svih fosfolipida u srcu 59% otpada
na plazmalogene.
Pored najznačajnije uloge glicerofosfolipida, učešća u izgradnji ćelijskih membrana,
imaju i druge uloge. Oni su obavezna komponenta lipoproteina krvne plazme, kojima daju
hidrofilna svojstva. Neki od glocerofosfolipida aktiviraju enzime, naročito lokalizovane u
unutrašnjoj membrani mitohondrija. Kao i žučne kiseline, glicerofosfolipidi imaju ulogu u
solubilizaciji holesterola.
Nakon unošenja, putem hrane, fosfolipidi se vare u lumenu tankog crijeva pod
dejstvom fosfolipaza: A1, A2, B, C i D. Na šemi su pokazana mjesta djelovanja pojedinih
fosfolipaza. Fosfolipaza B hidrolizuje sukcesivno obje estarske veze na C1 i na C2.
O
O HC O C R
2
R-C O CH fosfolipaza A
1
fosfolipaza A
2
HC
2
O P -
O CH -CH -N (CH )
2 2 33
fosfolipaza C
fosfolipaza D
COOH COOH
HN C H H C NH
2 2
R R
COOH
COOH COOH
H2N C H
H2N C H H2N C H
CH
H CH3 CH CH
3 3
COOH
COOH HN CH
COOH 2
HN CH CH2
2 HN CH
CH 2 COOH
2 N
CH
CH
HC CH CH H
HC CH 3 2 3
3 3
COOH COOH
CH OH CH CH2SH CH S CH
2 3 3 2
COOH COOH
HN CH HN CH
2 2 COOH
CH CH2
2 COOH HN CH
2
HN CH CH2
2
N CH2 CH
2
H CONH2 CONH
OH 2
Kisele aminokiseline
COOH
COOH HN CH
2
HN CH CH2
2
CH2 CH2
COOH COOH
Hemijska graĎa
- -
COOH COO COO
+ + +
-H + -H
HN C H HN C H HN C H
3 + 3 2
+H +
R R +H R
I II III
pK1+ pK2
IET=
2
gdje pK1 i pK2 predstavljaju negativne logaritme konstanti disocijacije karboksilne i
amino grupe. Iako u fiziološkim uslovima nema nedisosovanih molekula, aminokiseline pri
sintezi proteina, peptida i dr. učestvuju kao nedisosovane.
Fizičke osobine
Hemijska reaktivnost
PEPTIDI
O
H
Po hemijskoj građi peptidi su amidi kiselina. Nastaju sjedinjavanjem
aminokiselina peptidnom vezom. Peptidna veza se ostvaruje kada karboksilna C N
grupa jedne aminokiseline reaguje sa aminogrupom druge aminokiseline. Peptidna veza
Dvije aminokiseline grade dipeptid, tri tripeptid, ako u peptidu ima manje od
deset aminokiselina radi se o oligopeptidu, a ako je međusobno povezano preko deset
aminokiselina onda je to polipeptid. U onim slučajevima gdje je povezano preko sto
aminokiselina dobijamo proteine. Imena peptida se grade tako, što se ime aminokiseline koja
je u stvaranju peptidne veze reagovala karboksilnom grupom završava nastavkom il, a ime
aminokiseline koja je reagovala amino grupom, a karboksilna grupa je ostala slobodna,
izgovara se nepromijenjeno, kao što se vidi u primjeru dipeptida glicil-valina. Dogovoreno je,
da se slobodna amino grupa piše na lijevom kraju niza, dok se slobodna karboksilna grupa
piše na desnom kraju peptidnog (proteinskog) niza. Veoma je važna sekvenca (redoslijed)
povezivanja aminokiselina, i između ostalog, sekvenca aminokiselina je odgovorna za
konformaciju, a samim tim i za fiziološke aktivnosti peptida, odnosno proteina. Sekvenca
aminokiselina u nekom molekulu, peptidnom, ili proteinskom nije slučajna, već je strogo
genetski kontrolisana. Zato, npr. dipeptidi glicil-alanin i alanil-glicin, iako imaju isti
kvalitativni sastav (izgrađeni su od istih aminokiselina) i isti kvantitativni sastav (imaju iste
količine glicina i alanina) nisu isti, već se mora naglasiti da se radi o dva sasvim različita
dipeptida, što je uslovljeno različitom sekvencom aminokiselina.
PRIRODNI PEPTIDI
H O
NH 2
N
HOOC N COOH
CH2 H
O
SH
Glutation - GSH
+
HN +
3 HN
N COOH 3 N COOH
H H
O CH O CH
2 2
NH N CH
3
N N
Karnozin Anserin
(-alanil-histidin) (-alanil-N-metilhistidin)
.
Antibiotici su jedinjenja koja sadrže aminokiseline, kojih nema u proteinima i
peptidima. Neuobičajeno povezane aminokiseline, mikroorganizmi ne mogu da metabolišu,
što ima za posljedicu otežan razvoj mikroorganizama, odnosno izostaje rast i razvoj
mikroorganizama u prisustvu antibiotika. Penicilin, koga luče gljivice Penicillium notatum,
sastavljen je iz aminokiselina Val i Cys. Cistein (Cys) je N-acilovan, acil radikali mogu biti
različiti, pa na osnovu toga do danas je sintetizovano više vrsta penicilinskih preparata.
S N R
H C
3
H C N R= je promjenljivo
3 O
HOOC O
Ako je R= HC
2
Valin Cistein
KATABOLIZAM AMINOKISELINA
Transaminacija
COO- -
COO
- - +
COO C O COO HN CH
+ 3
HN CH CH2 C O CH2
3 AST
+ +
CH2 CH CH2 CH
2 2
COO- COO
-
COO- COO
-
- -
COO COO
+
C O HN CH
3
- -
COO CH2 ALT COO CH
+ 2
HN CH + CH C O + CH
3 2 2
CH - CH COO -
3 COO 3
Oksidativna dezaminacija
Pored α-ketoglutarne kiseline, česti akceptori amino grupa, pri procesu transaminacije,
su pirogrožđana i oksalsirćetna kiselina, pri čemu one prelaze u alanin i asparaginsku kiselinu.
Iz alanina i asparaginske kiseline, novim premještanjem amino grupa, može da nastane
glutaminska kiselina, iz koje će procesom oksidativne dezaminacije biti oslobođen amonijak i
uključen u ciklus sinteze uree. Na ovaj način, u jetri i bubrezima, sprečava se nagomilavanje
molekula glutaminske kiseline. Pored toga, amonijum jon u bubrezima ima značajnu
fiziološku ulogu u održavanju acido-bazne ravnoteže.
Oksidativna dezaminacija se odigrava postepeno, prvo nastaje imino oblik
glutaminske kiseline, a dobijena α-iminoglutarna kiselina reaguje sa molekulom vode i u
hidrolitičkoj reakciji nastaje oslobađanje amonijaka i α-ketoglutarne kiseline.
H2O
R R R
+
HN CH HN CH O CH + NH
3 3
COO- -
..
COO COO-
..
E FMN E FMNH2
E FAD E FADH
aminokiselina 2 iminokiselina ketokiselina
H2O2 O2
katalaza
HO
2
SINTEZA UREE
2ADP + Pi
O
- 1
2ATP + HO-C-O + NH O
3 CSP-I
bikarbonat
2-
H N -C- O- PO3
2
karbamoil-fosfat
-
2 COO
+
OTC HN CH
NH2 O 3
C CH2
NH arginino- -
2 NH -sukcinat COO
sintetaza aspartat
(CH )
23 (CH )
+ 23 3
HN CH + ATP
3 HN CH
3
COO - -
COO AMP + 2P
i
ornitin citrulin
-
COO
HN
NH 2 2 C N-CH
NH
O C CH
2
NH 5 (CH )
urea 2 23 COO -
+
HN CH
3
COO -
arginino-
HO -sukcinat 4 arginino-sukcinat
2 liaza
HN
2
C NH
HC NH -
2 COO H
CH C
2
CH C
2
+ -
HN CH H COO
3
- fumarat
COO
arginin
Ciklus Uree
U narednoj reakciji ciklusa razlaže se arginin-ćilibarna kiselina, katalitičkim
dejstvom arginin-sukcinat liaze, pri čemu se oslobađa arginin i fumarna kiselina. Dok
fumarna kiselina odlazi u citratni ciklus, arginin se razlaže na molekulu uree i aminokiselinu
ornitin. Ova posljednja reakcija u ciklusu uree je katalizovana enzimom arginazom. Ornitin
ponovo odlazi u ciklus uree.
Arginazu, visokospecifični enzim, aktivišu joni Mn2+ i Mg2+. Sinteza uree je povezana
sa ciklusom trikarbonskih kiselina preko fumarne kiseline i preko oksalsirćetne kiseline. To je
prikazano na slici 27.
Aminokiseline koje se razgrađuju u piruvat su: alanin, cistein i serin. Treonin i glicin
preko serina daju piruvat.
ACETALDEHID
TREONIN
GLICIN SERIN
CISTEIN ALANIN
PIRUVAT
Metabolička razgradnja nekih aminokiselina
ORNITIN
α - KETOGLUTARAT
U sukcinil-CoA se razlažu metionin, valin i izoleucin.
Purinske baze
O O
NH2
6 7 N
1 5 N N HN
N HN
8
2 N9 N N N
N 4 NH N
2
3 H H H
Purinski nukleozidi
O O
NH2
N N N
N HN HN
,
N, O 5 N N O CH2OH N O CH OH
N 1 CH OH N 2
,2 NH2
H H 4 H H H H
H H H H H
, ,
2 3H
OH OH OH OH OH OH
O O
NH 2
6
1N 5 HN HN
4
O 2 N3 N N
O O
H H H
pirimidinski nukleozidi
O O
NH 2
N HN HN
O N O N O O N
O CH2OH CH2OH O CH2OH
H H H H H H
H H H
H H H
OH OH OH OH OH OH
Citidin (C) Uridin (U) Timidin (T)
DEZOKSIRIBONUKLEINSKA KISELINA
2
Dezoksiribonukleinska kiselina
Raspored baza u polinukleotidnom lancu DNA nosi genetsku informaciju, koja ima
dvostruku ulogu. Ona je izvor informacija za sintezu svih proteina u ćeliji i istovremeno obezbjeĊuje
informaciju koju nasljeĊuju ćelije-kćerke, ili potomstvo.
Model strukture DNA dali su Watson i Crick. DNA se sastoji iz dva antiparalelna spiralna
polinukleotidna lanca izuvijana oko zajedniĉke ose. Konstatacija da su dva lanca postavljena
antiparalelno oznaĉava da u jednom lancu postoji 5',3' a u drugom 3',5'–fosfodiestarska veza izmeĊu
njihovih dezoksiribonukleotida. Zato se i govori o 5',3' odnosno 3',5'- DNA nizu.
Znaĉajan doprinos objašnjenju strukture molekule DNA dao je 1950. godine Chargaff
sa saradnicima. Oni su uspostavili pravila: nukleotidni sastav DNA razliĉitih jedinki je razliĉit; DNA
izolovana iz razliĉitih organa jednog organizma ima isti sastav nukleotida, koji se ne mijenja sa
starenjem, ishranom, ili promjenom uslova spoljašnje sredine; koliĉina purinskih baza jednaka je
koliĉini pirimidinskih baza (A+G=T+C); broj molekula timina jednak je broju molekula adenina,
3
dok je broj molekula guanina jednak broju molekula citozina; odnos izmeĊu komplementarnih baza
A-T/G-C nikad nije jednak jedinici, već je specifiĉan, kod sisara i ĉovjeka je veći od jedan.
Od ukupne koliĉine DNA manje od 0,3% je u mitohondrijama, a sav preostali dio se
nalazi u jedru, kao hromozomalna DNA. Postoje podaci po kojima, kada bi se razmotala molekula
hromozomalne DNA, imala bi dužinu oko 2 metra, što bi odgovaralo 5,5x109 parova purinskih i
pirimidinskih baza. Na veliĉinu RMM DNA znaĉajno utiĉu i mnogobrojni molekuli alkalnih
proteina histona, koji se nalaze duž DNA u mnogobrojnim prostorima izmeĊu dvostrukog heliksa.
Zahvaljujući velikom broju rezidua fosforne kiseline, molekul DNA ispoljava osobine
jake kiseline. Veliki broj disosovanih –OH grupa fosforne kiseline omogućava vezivanje katjona,
naroĉito Mg2+ i Ca2+, kao i nekih polikatjonskih amina tipa spermina i spermidina.
RIBONUKLEINSKE KISELINE
4
Danas se smatra da su u nukleusu ćelija sisara neposredni proizvodi transkripcije gena
heterogene nuklearne RNA (hnRNA) koje su veće od 107 daltona. Molekuli hnRNA nastaju kao
prethodnoci mRNA molekula, ĉija je RMM oko 106 daltona.
Nastala mRNA prelazi iz jedra u citoplazmu i dolazi u ribozome, gdje služi kao
matrica u procesu sinteze (translacije) polipeptidnog lanca, u kome aminokiseline zauzimaju svoja
mjesta po taĉno utvrĊenom redoslijedu.
Dužina mRNA odgovara dužini polipeptidnog lanca, za ĉiju biosintezu nosi prepisanu
informaciju, iz odgovarajućeg strukturnog gena. Kako je svaka aminokiselina odreĊena tripletom
baza u lancu DNA, odnosno mRNA, za sintezu polipeptidnog lanca koji sadrži 100 aminokiselinskih
ostataka potrebna je mRNA koja sadrži najmanje 300 ribonukleotida.
mRNA ima i dodatni niz od 20-250 AMP nukleotida u obliku "repa" na 3'-
hidroksilnom kraju, dok je na 5'-terminalnom dijelu "kapica" u vidu 7-metil-guanozintrifosfata.
Izgleda da "rep" olakšava transport zrele mRNA iz nukleusa u citosol, povećava stabilnost molekule
i daje signal u ribosomima za broj translacionih ciklusa mRNA.
,
5 kraj pG C
,
3 kraj
akceptorsko stablo
pomo}ni segment
antikodonski "list"
antikodon
5
Na 3' terminalnom dijelu, predjelu "peteljke djeteline", nalazi se trinukleotid citidin-
citidin-adenozinmonofosfat (C-C-A), koji omogućava vezivanje aktivisane aminokiseline. Ovaj
proces se ostvaruje nastajanjem estarske veze izmeĊu aminokiseline koja se transportuje i –OH
grupe na C3 terminalnom adenozinmonofosfatu. Za nastajanje ovakvog specifiĉnog kompleksa
potrebno je prisustvo enzima sintetaze aminoacil-tRNA. Smatra se da navedeni enzim prvo aktiviše
aminokiselinu, a tek potom katalizuje stvaranje kompleksa.
Na srednjem "listu" se nalazi specifiĉan trinukleotid za aminokiselinu koja se
transportuje, a oznaĉava se kao triplet antikodon. Antikodon prepoznaje triplet kod u mRNA na
ribozomima, tokom sinteze polipeptidnog lanca. Drugi "list" se oznaĉava kao DHU (dihidrouracil) i
omogućava prepoznavanje tRNA od strane sintetaze aminoacil-tRNA, dok je treći "list" TΨC
(timidin-pseudouridin-citidin) zadužen za vezivanje aminoacil-tRNA kompleksa na površini
ribozoma. Na šemi je vidljiv i jedan detalj, ĉetvrti "list", izmeĊu antikodona i TΨC "lista", koji nije
prisutan u svim tRNA.
REPLIKACIJA DNA
6
Nakon vezivanja proteina za rasplitanje djeluje specifiĉni enzim DNA-zavisna RNA
polimeraza, koji iz ribonukleozid-trifosfata sintetiše jedan kraći RNA-fragment, sastavljen od 10-tak
nukleozida. Ĉim se sintetišu i privremeno vežu RNA-fragmenti otpoĉinje sinteza DNA-segmenta
(Okazaki-segmenta) dejstvom enzima DNA-polimeraze. Okazaki-segmenti se sastoje iz 150-250
dezoksiribonukleotida i vezuju se antiparalelno na osnovni DNA lanac. Kratki RNA-fragmenti služe
samo za iniciranje sinteze Okazaki-segmenata, nakon ĉega se uklanjaju. Okazaki-segmenti se
meĊusobno povezuju djelovanjem DNA-ligaze, a novosintetisani DNA lanac je komplementaran i
antiparalelan u odnosu na osnovni DNA lanac. Svi navedeni procesi se istovremeno odvijaju na više
mjesta u DNA molekuli i zato veoma brzo nastaju dva dvostruka lanca.
DNA lanac sa 3',5'-fosfodiestarskom vezom postaje model za dobijanje novosintetisanog
DNA niza sa 5',3'-fosfodiestarskom vezom i obrnuto drugi osnovni lanac sa 5',3'-fosfodiestarskom
vezom postaje model za sintezu novog antiparalelnog lanca sa 3',5'-fosfodiestarskom vezom. Pošto
nastaju ukupno 4 DNA lanca (2 stara i 2 nova), dvije ćelije-kćerke će imati isti hromozomski DNA
materijal, kao i ćelija-majka.
TRANSKRIPCIJA
SINTEZA PROTEINA
Sinteza proteina je veoma složen proces, koji zahtijeva prisustvo velikog broja enzima
i specifiĉnih makromolekula. Uprkos tome, proces se odvija velikom brzinom, tako da ribozom
sisara može, za samo 2 minuta, da izvrši translaciju 200 kodona mRNA u odgovarajući polipeptidni
lanac. Sinteza proteina oznaĉava se terminom translacija (prevoĊenje). Prevodi se genetska
informacija sadržana u hromozomalnoj DNA u obliku odgovarajućih triplet nukleotidnih šifara,
koje se prepisuju i prenose uz pomoć ribozomalne mRNA u ribozome. Translacija se sastoji iz ĉetiri
faze: aktivacije aminokiselina, inicijacije peptidnog lanca, elongacije (produžavanja) peptidnog
lanca i završetka sinteze.
7
Aktivacija aminokiselina
aminoacil-t-RNA sintetaza
ATP + aminokiselina aminoacil-AMP + PPi
aminoacil-t-RNA sintetaza
aminoacil-AMP + tRNA aminoacil-tRNA + AMP
8
proteini sintetisani u ribozomima poĉinju sa ostatkom metionina, koji se na ribozome donosi pomoću
specifiĉne metionil-tRNA. Ostatak aminokiseline metionina može kasnije da se ukloni iz
polipeptidnog lanca, dejstvom specifiĉne aminopeptidaze.
Inicirajući kompleks postepeno ostvaruje vezu sa inicirajućim faktorima. Laka 40S
subjedinica ribozoma, Met-tRNA i mRNA formiraju 40S inicijalni kompleks. Pojedini inicirajući
faktori imaju razliĉite uloge. IF3 omogućava vezivanje mRNA, a IF2 služi za vezivanje Met-tRNA i
fosfatnog jedinjenja GTP. Tako nastaje kompleks GTP-IF2-Met-tRNA, koji sa lakom jedinicom
ribozoma ĉini inicirajući kompleks. Zatim slijedi asocijacija sa teškom jedinicom 60S i oslobaĊanje
sva tri inicirajuća faktora i razlaganje GTP na GDP i ortofosfornu kiselinu. Formiranjem 80S
ribozoma završena je ova faza i može da startuje elongacija peptidnog lanca.
U sklopu funkcionalno aktivnog ribozoma (80S) laka sujedinica (40S) ima dva mjesta
za vezivanje aminoacil-tRNA. Jedno je P (peptidil) i drugo A (aminoacil). Inicirajuća Met-tRNA
može da se veže samo za mjesto P, a sve aminoacil-tRNA se vezuju za mjesto A. Faza elongacije
peptidnog lanca obuhvata tri procesa: vezivanje aminokiselinskog ostatka u obliku aminoacil-tRNA
kompleksa, stvaranje peptidne veze i translokaciju (pomjeranje ribozoma duž mRNA).
Elongacija poĉinje vezivanjem prve aminoacil-tRNA na prazno mjesto na ribozomu.
Koja će se aminoacil-tRNA da veže odreĊuje kodon mRNA, koji se nalazi u mjestu A. Aminoacil-
tRNA koja ulazi u ribozom stvara trojni kompleks sa faktorom elongacije 1(EF1) i GTP, pri ĉemu se
faktor elongacije vezuje za aminokiselinu iz aminoacil-tRNA kompleksa i GTP samo kada
odgovarajući antikodon doĊe u vezu sa prvim kodonom. Hidrolizom GTP na GDP i fosfat, uz
istovremeno otpuštanje faktora elongacije, nastaje prva peptidna veza izmeĊu esterifikovane
karboksilne grupe Met-tRNA, koji se nalazi na mjestu P i α-amino grupe aminoacil-tRNA na mjestu
A. Reakciju katalizuje peptidil transferaza, koja je integralni dio 80S subjedinice ribozoma. Nastaje
dipeptidil-tRNA, koji je privremeno vezan za mjesto A, a na mjestu P se nalazi slobodna tRNA iz
ranijeg kompleksa Met-tRNA.
U fazi translokacije, sa kojom se završava elongacija, omogućeno je pomjeranje
funkcionalnog ribozoma duž lanca mRNA, što omogućava prebacivanje dipeptidil-tRNA sa mjesta
A na mjesto P i u isto vrijeme vrši istiskivanje slobodne tRNA. Za ovaj složeni proces energiju
obezbjeĊuje GTP uz uĉešće elongirajućeg faktora 2 (EF2). Upražnjeno mjesto A brzo može da se
popuni sa novim aminoacil-tRNA kompleksom. Tako su stvoreni uslovi za formiranje naredne
peptidne veze i nastajanje tripeptidil-tRNA. Sve navedene faze se ponavljaju do nastanka
odgovarajućeg peptidnog lanca.
9
Efikasnost sinteze peptidnih lanaca postiže se zahvaljujući postojanju poliribozoma tj.
više desetina, ili ĉak stotina ribozoma duž jednog lanca mRNA.
U energetskom smislu sinteza proteina ima veliku "cijenu". Za svaku ugraĊenu
aminokiselinu potrebno je da se utroši ĉetiri molekula fosfatnih jedinjenja bogatih energijom (ATP i
GTP).
10
ISPITNA PITANJA IZ BIOHEMIJE
(za studente Poljoprivrednog fakulteta koji polažu biohemiju
počevši od juna 2007. godine)
1. Struktura enzima
2. Aktivni centar enzima
3. Specifičnost enzima
4. Enzimi kao katalizatori (kinetika enzimskih reakcija)
5. Uticaj temperature i pH na brzinu enzimski katalizovanih reakcija
6. Uticaj koncentracije enzima i koncentracije supstrata na brzinu enzimski katalizovanih
reakcija
7. Grafičko određivanje Km
8. Nomenklatura i klasifikacija enzima
9. Jedinice za izražavanje aktivnosti enzima
10. Koenzimi
11. Vitamin B1
12. Vitamin B2
13. Pantotenska kiselina
14. Vitamin B6
15. Vitami B12
16. Vitamin C
17. Vitamin A
18. Vitamin D
19. Vitamin E
20. Vitamin K
21. Vitamin F
22. Transport elektrona i oksidativna fosforilacija
23. Kompleksi respiratornog lanca (I-IV)
24. ATP-sintetaza
25. Izlazak sintetisanog ATP iz mitohondrija
26. Odnos P/O u respiratornom lancu
27. Ugljeni hidrati (struktura i podjela)
28. Skrob
29. Celuloza
30. Prva faza glikolize
31. Druga faza glikolize
32. Regulacija glikolize
33. Oksidativna dekarboksilacija piruvata
34. Sinteza oksalacetata
35. Reakcije ciklusa trikarbonskih kiselina
36. Regulacija ciklusa trikarbonskih kiselina
37. Energetski efekti oksidacije glukoze
38. Glikogenoliza
39. Pentozofosfatni put
40. Glukoneogeneza
41. Glikogeneza i regulacija glikogeneze
42. Fotosinteza
43. Masne kiseline
44. β-oksidacija masnih kiselina
45. Energetski bilans β-oksidacije masnih kiselina
46. Sporedni putevi oksidacije masnih kiselina
47. Biosinteza masnih kiselina
48. Elongacija masnih kiselina
49. Glicerofosfolipidi
50. Struktura, podjela i osobine aminokiselina
51. Nastajanje peptida i prirodni peptidi
52. Transaminacija aminokiselina
53. Oksidativna dezaminacija aminokiselina
54. Sinteza uree
55. Katabolizam ugljovodoničnog skeleta aminokiselina
56. Purinske i pirimidinske baze
57. Dezoksiribonukleinska kiselina
58. Ribonukleinske kiseline
59. Replikacija DNA, transkripcija
60. Sinteza proteina
Literatura:
Jasminka Nikolić BIOHEMIJA ZA STUDENTE POLJOPRIVREDNOG
FAKULTETA, Banja Luka 2007.